Sukarno merasa terhutang budi kepada Ibrahim Yaakob di atas semangat juang dan setiakawan orang Indonesia di Tanah Melayu. Lantas Sukarno mengajak Ibrahim Yaakob berjuang sahaja di pulau Jawa kerana mereka seketurunan - Bugis Jawa Indonesia.

Pada 15 Ogos 1945 Jepun menyerah kalah secara tiba-tiba setelah bandar Hiroshima dan Nagasaki diledakkan dengan bom atom. PETA dan Giyuugun diperintah bubar oleh tentera Jepun dn senjata diserahkan.Gagasan Indonesia Raya terbatal dengan sendirinya. Pada 19 Ogos 1945, Ibrahim Yaakob meminta kapal terbang tentera Jepun untuk membawanya ke Jakarta. Ibrahim Yaakob terbang ke Jakarta bersama isterinya Mariatun Haji Siraj, iparnya Onan Haji Siraj dan Hassan Manan.

Di Indonesia, beliau menukar nama kepada Iskandar Kamel dan menjadi pengurus Gerakan Kemerdekaan Malaya. Terbit bagi pihak KMM di Jakarta . Pejabatnya terletak di nombor 4 Jalan Kebahagian, Jakarta.[7]